La Scuola San Pancrazio è amministrata da un Comitato di Gestione composto da: presidente, 5 genitori eletti dall'Assemblea Genitori, parroco, coordinatrice dell'attività educativa, un rappresentante del Consiglio pastorale parrocchiale e un rappresentante del Comune. A questi si aggiungono 4 membri di diritto.

Il Comitato Direttivo del Comitato di Gestione è formato dal presidente e dai 5 genitori, dura in carica 3 anni e si riunisce qualvolta sia necessario per esaminare i problemi e trovare le soluzioni più idonee. Durante l'anno convoca le assemblee dei genitori, i consigli di interclasse e organizza incontri formativi con esperti.